4月9日晚間，按照中國證監會關于全面深化新三板改革落地實施工作部署，配套《全國中小企業股份轉讓系統掛牌公司治理規則》落地實施，全國股轉公司發布實施2件業務指引，即《全國中小企業股份轉讓系統掛牌公司治理指引第2號——獨立董事》(以下簡稱《獨立董事指引》)和《全國中小企業股份轉讓系統掛牌公司治理指引第3號——表決權差異安排》(以下簡稱《表決權差異安排指引》)。這也意味著，作為新三板改革重要內容的獨立董事制度和表決權差異安排正式落地。
記者了解到，《獨立董事指引》堅持“差異化監管”的原則，充分借鑒了境內外資本市場和科創板有益經驗，明確了掛牌公司獨立董事的選聘、履職等要求。一是建立差異化的獨立董事制度安排。要求精選層掛牌公司應當建立獨立董事制度，對創新層、基礎層公司不做硬性要求。二是明確獨立董事的人數要求和任職資格。要求精選層公司應有2名以上的獨立董事，其中1名為會計專業人士;要求獨立董事需具有勝任的素質，且近三年內擔任過上市公司、創新層或精選層公司獨立董事;獨立董事的獨立性及任職限制同上市公司要求保持一致。三是明晰獨立董事可通過行使特別職權、發表獨立意見來發揮其獨立性、專業化的特性。四是明確獨立董事的備案程序，以制度化的流程確保獨立董事任職的規范性。
另外，《表決權差異安排指引》對掛牌公司表決權差異安排的設置、運行和投資者保護等要求進行了全面規定。明確了設置主體的行業、財務指標等要求。將設置主體限制為國家重點支持行業、市場認可度高、創始人發揮重大作用的優質科技創新公司，并設置對應財務指標要求;將特別表決權股東限定為公司董事，以維持公司經營決策的穩定性。此外，對表決權差異安排的運行設置了系列要求。限制特別表決權股份的表決權放大倍數，不得提高特別表決權比例;規定“日落條款”，出現特定情況時，特別表決權股東不再享有特別表決權;明確了應恢復“一股一權”表決的重大事項范圍;規定特別表決權股份不得交易。
新三板評論人、北京南山投資創始人周運南表示，新三板正式推出獨立董事制度，與A股上市公司看齊，同時表決權差異安排也與科創板看齊，將極大地完善新三板掛牌企業特別是精選層企業的公司治理機制，提高公司的管理質地，有效地保護中小投資者的合法權益，為新三板全面深化改革措施保駕護航。
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